關于個人醫療賬戶的管理，主要有五種情況：義務兵役期間的投保人、未支付醫療保險費或已暫停養老金的投保人、被保險人必須轉移個人醫療賬戶等等。

在義務兵役期間，被保險人應當保持基本醫療保險關系，繼續轉為個人醫療賬戶；退出現役后，按照臨時措施執行。解放軍退役軍人醫療保險和《軍人和地方醫療保險個人醫療賬戶轉移辦法》的通知。

新舊單位應當辦理暫停或者增加醫保人員數量的手續，改變醫保人員在統籌領域內流動就業的個人醫療賬戶信息，并轉移基本醫療保險。在跨區域的流動就業中，離子船和個人醫療賬戶的平衡。個人醫療賬戶的余額不能轉賬，余額以現金支付給個人。

參保人員死亡后，個人醫療帳戶資金可用于結付最后一次就醫自費的醫療費用，仍有結余的，由單位持有關證明到市醫療保險服務管理中心申請對其個人醫療帳戶資金進行清算，并注銷其個人醫療帳戶，個人醫療帳戶資金余額按《中華人民共和國繼承法》的有關規定劃入其繼承人的個人醫療帳戶。

繼承人未參加基本醫療保險的，個人醫療帳戶資金余額可一次性以現金支付給繼承人;沒有繼承人的，個人醫療帳戶余額歸入基本醫療保險統籌基金。

凡未繳納醫療保險費的參保人員或被停發養老金的退休人員，市醫療保險服務管理中心在次月停止為其劃入個人醫療帳戶資金，個人醫療帳戶余額可繼續使用，但不享受基本醫療保險待遇；待重新繳納醫療保險費或恢復領取養老金后，自次月起恢復劃入個人醫療帳戶資金，但不補付停止繳費期間應由統籌基金支付的醫療費用。

參保單位和參保人員經批準延期繳納醫療保險費的，參保人員暫不享受基本醫療保險待遇，個人帳戶金額暫不劃入。在3個月內補足延期繳納的費用及利息的，可以補記個人醫療帳戶，可以補付延期繳費期間應由統籌基金支付的醫療費用，其醫療費按異地就醫報銷方式辦理報銷手續。超過３個月的，延期繳費期間醫療費用由用人單位負責。

被保險人出境前定居下來的，由被保險人或者個人憑有關證件辦理與市醫保服務管理中心、終止醫療保險關系的手續。個人醫療賬戶應當以現金形式返還，并取消個人醫療賬戶。