城鎮居民基本醫療保險的報銷方式有兩種：一種是網絡化結算。被保險人在已實施聯網住院結算或提供結算的指定醫療機構，只需支付指定醫院收費窗口個人應支付費用的一部分。其余費用由社保中心和指定醫療機構按規定結算。
二是全額預付款的償還。被保險人在醫療機構中發生的尚未實施聯網結算的住院醫療費用，由個人提前支付。出院后，參保人員憑定點醫院出院證明、醫療費發票及各項費用清單，到鎮勞動保障服務中心及其社區勞動保障工作站進行登記，收集報銷信息，報送社會保險。審查結算機構。社會保險經辦機構應當按照規定的期限結算，并按照規定支付醫療費用。
城鎮居民基本醫療保險報銷程序
參保患者出院后，需在每月1日前將①病歷首頁復印件(需醫院醫保科蓋章)、②出院小結、③住院費用收據、④住院醫療費用明細(一日清單)、⑤醫保現金交款單復印件、⑥出院證、⑦身份證復印件交到社區，進行相關登記。
每月5日前，各社區將相關材料及表冊上報區醫保辦。
每月5日—10日，區醫保辦審核相關票據，核算報銷金額。
每月12日—15日，上報市醫保中心審批。
次月上旬，支付報銷費用。參保患者需持本人身份證到區醫保辦領取。
以重慶市為例，根據重慶市2008年最新報銷比例調整，市民若選擇二檔參保，即參保費用200元個人繳納60元|年|人，其醫療費銷比例將在原有基礎上上調10%，參保市民每人每年的醫療費報銷金額上限為6萬元;選擇一檔參保的市民，其醫療費報銷按當地新農合報銷標準執行，年報銷上限由原來的1萬多元增至3萬余元。
城鄉合作醫療保險分為起訖線和封頂線。起跑線根據醫院級別確定，最低200元，最高1000元。居民看病時支付的醫療費用在起算線以下，由被保險人自行承擔。
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