隨著城鎮化建設步伐的加快和統籌城鄉社會保障體系的不斷推進，中共中央、國務院《關于深化醫療衛生體制改革的意見》強調：探索建立城鄉一體化的基本醫療保障管理制度，并逐步整合基本醫療保障經辦管理資源。
市委、市政府也提出了完善基本醫療保障管理體制，實現新型農村合作醫療、城鎮居民基本醫療保險、城鎮職工基本醫療保險一體化管理的要求，為實行城鄉醫療保險一體化管理指明了方向。5月31日，市政府下發了《昆明市城鎮職工基本醫療保險城鎮居民基本醫療保險和新型農村合作醫療實行一體化管理的意見》。
隨后，昆明市成立城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險和新型農村合作醫療一體化管理工作領導小組。由市政府領導任組長，市發改委、市財政局、市衛生局、市人力資源和社會保障局、市審計局、市民政局、市編辦等部門為成員單位，負責領導組織協調城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險和新型農村合作醫療一體化管理工作。
根據《意見》精神，昆明市先從理順職能、整合資源入手，將分散在人力資源和社會保障部門管理的城鎮職工、城鎮居民醫療保險的管理職能和衛生部門管理的新型農村合作醫療的管理職能，整合調整到人力資源和社會保障部門統一管理，實現城鄉醫療保險一體化管理。
按照現行新型農村合作醫療統籌層次和制度體系不變的原則，6月30日以前，將完成市級新農合經辦管理職能的移交，7月30日以前，完成各縣（市）區新農合經辦管理職能的移交。
《意見》要求，各級各部門要提高認識，高度重視，切實加強組織領導，按照全市統一部署，認真做好新型農村合作醫療管理和經辦職能移交工作。
在維持現有新農合的統籌層次、制度體系、經辦方式不變的基礎上，實現行政和經辦管理職能的有效銜接、基金的安全移交和人員的平穩調整，確保移交工作期間政策不變、待遇不減、工作不斷、隊伍不亂，圓滿實現新型農村合作醫療管理職能的順利交接。
城鎮職工醫療保險、城鎮居民醫療保險和新型農村合作醫療實現一體化管理后，各級各部門將統籌安排、密切配合、加強協作，積極探索建立全市統籌城鄉基本醫療保險制度，不斷完善全市醫療保障政策體系，提高全市醫療保障待遇保障水平。
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