參合人員的門診費用按以下規定辦理報銷：在合作醫療定點村衛生室和鎮街道衛生院均按25%報銷，門診補償總額每人每年最高報銷150元。二級(含)以上定點醫療機構的門診醫藥費用不予報銷。
住院報銷按以下規定辦理：
(一)起付線。一級定點醫療機構100元，起付線以下的醫藥費用不予報銷。二、三級定點醫療機構不設起付線。
(二)報銷比例。一級定點醫療機構住院不實行分段補償，符合報銷范圍內的醫藥費補償比例為65%。二、三級定點醫療機構住院實行分段補償，分為5000元以下(含5000元)、5000元以上至10000元(含10000元)和10000元以上三段(下同)。符合報銷范圍內的醫藥費按以下比例報銷：二級定點醫療機構5000元以下的部分按50%的比例報銷，5000元至10000元的部分按55%的比例報銷，10000元以上的部分按60%的比例報銷。三級定點醫療機構5000元以下的部分按35%的比例報銷，5000元至10000元的部分按40%的比例報銷，10000元以上的部分按照45%的比例報銷。
一級定點醫療機構包括鎮街道衛生院和區級專科醫療機構，二級定點醫療機構包括區級綜合醫院和市級專科醫療機構，三級定點醫療機構包括市級及市級以上綜合醫院、市級以上專科醫療機構。
(三)封頂線。住院報銷總額每人每年累計最高可報銷40000元。
(四)尿毒癥透析、癌癥病人的放療(化療)、紅癍狼瘡、器官移植抗排異治療的門診費用按同級定點醫療機構住院報銷比例報銷，每結算報銷一次計算一次起付線。在定點醫療機構住院按政策分娩的，每人給予300元的一次性補償。對于新農合籌資繳費期后至下一個籌資繳費期之間新生兒發生的醫療費用，其母親參合的可用其母親的姓名享受新農合補償政策。
外出務工人員以及子女隨父母或父母隨子女在外長期居住，因病在居住地政府舉辦的定點醫療機構住院治療的，持務工單位證明、居住地戶籍證明、就診醫療機構診斷證明、住院病歷首頁、費用憑證等資料，經區合作醫療管理辦公室辦理審核，到戶口所在地合作醫療管理辦公室辦理報銷。
(五)報銷手續。參合人員報銷醫藥費時，應持本人合作醫療證、醫藥費單據原件、門診病歷、處方報銷聯(門診實行雙處方制);住院人員報銷醫藥費，還要持住院清單、診斷證明、出院證明、身份審核證明、住院病歷首頁復印件等材料。
參合人員要于次年度的一個月內辦理完畢上年度的報銷結算，未辦理的視為自動放棄報銷。定點醫療機構未及時辦理結算的，補償費用由定點醫療機構承擔。
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