（一）保險責任不同。健康保險和意外傷害保險都將意外傷害作為保險事故，但其責任范圍不同。意外傷害保險的責任限于被保險人因意外事故死亡或者傷殘，醫療保險對意外事故造成的醫療費用或者收入的損失負責。例如,某被保險人發生車禍受傷住院治療后殘廢,如果此人投保的是意外傷害保險,保險人只承擔殘廢給付而不負責賠償醫療費用;如果此人投保的是健康保險,保險人則承擔受傷住院的醫療費用和住院期間以及殘廢后不能工作的收入損失的賠償(具體責任視健康保險的險種不同而有別)。
（二）合同性質不同。意外傷害保險主要以固定金額支付，屬于給付合同。保險事故發生后，保險代理人按照合同約定的數額給付保險金。大多數醫療保險合同屬于補償合同。保險費的支付有三個基礎：
1.定額支付：類似于人壽保險和意外傷害保險。
2.實際補償:按實際所發生的費用給付,雖然有最高額的限制。
3.預付服務:由保險人直接支付醫療費用。
因此，在健康保險中，存在著雙重保險和代位追償的問題。因第三者責任造成保險事故的，保險人支付保險費后，可以要求被保險人將向第三者追償的權利轉移給保險人。也可在第三方進行了賠償后,又予給付或補足差額(限于補償性的健康保險合同)。如果存在重復保險,也應按重復保險下的賠償方式進行給付。意外傷害保險則一般不存在上述問題。
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