一直以來，為了保障更多人們的切身利益，我國都在不斷完善和擴大基本醫療保險制度。事實上，基本醫療保險制度中存在著或多或少的問題，農村醫療保險也不例外。下面詳細分析了存在的問題及相關對策。
參加新農村合作醫療，農民個人繳費要集中。有些外出打工的農民因拖欠繳費期限，次年不能享受合作醫療。同時，也有一些外地的農民在移民地區不能及時繳納醫療保險，這給就醫造成了一些麻煩。
報告、批準和撤回鈔票需要很長時間。農民往往需要回到使用戶所在的鄉鎮進行審批后，再返回指定醫院報銷。這增加了農民的交通費用，尤其是偏遠地區的農民。
醫療保險是社會進步、生產發展的必然結果,反過來,醫療保險制度的建立和完善又進一步促進社會的進步和生產的發展。一方面,醫療保險解除了勞動者的后顧之憂，使其安心工作，從而可以提高勞動生產率、促進生產發展;另一方面,也保證了勞動者的身心健康。為了調動農民參保的積極性,解決農民看病難、報銷難的現狀，應進一步完善農村醫療保險的基本措施。
政府應提高對農村醫療衛生事業的重視程度,進一步建立健全對農村公共衛生經費的投入機制，保證農村公共衛生費用不斷增加。政府每年增加的衛生投入要重點支持鄉鎮及村級衛生機構,配備必要的醫療設備,鞏固和完善農村三級預防保健醫療網絡建設。政府應積極鼓勵各鄉鎮醫院運用市場調節手段，注意吸引民間資本，采取合資入股、設備租賃等多種方式,改變醫療機構單一公有制的產權機構,進一步提高醫療機構的服務效率和經濟收益。
加強村衛生室的支持和管理。加強鄉鎮衛生院與村衛生院的行政關系，賦予鄉鎮衛生院對村衛生室人員的資格認定、管理和業務能力培訓一定的權力。這不僅增強了村衛生院對鄉鎮衛生院的向心力，而且提高了村衛生所從業人員的專業素質。在業務及藥品采購方面應推動村醫療衛生所與鄉鎮衛生院之間的互利合作，以提高農村應對突發事件的能力。應加強農村衛生人才隊伍建設。一方面對現有衛生技術人員定期進行業務培訓和交流學習。另一方面有關部門應制定相關政策，積極改善農村醫療衛生條件。
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