2009年6月財政部、國家稅務總局發布了《關于補充養老保險費、補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）。該通知規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在不超過職工工資總額5％標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。

由于有了企業所得稅扣除優惠，企業為職工辦理2008年1月1日以來的補充養老保險和補充醫療保險的積極性大增。由于繳納補充養老保險和補充醫療保險人數增加，其涉及的個人所得稅問題頗受關注。

《財政部、國家稅務總局關于基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）規定，企事業單位按照國家或省、自治區、直轄市人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，免征個人所得稅；個人按照國家或省、自治區、直轄市人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除。企事業單位和個人超過規定的比例和標準繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，應將超過部分并人個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。

根據上述文件規定，企事業單位按照國家或省級人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費和住房公積金，免征個人所得稅。在該文件的免稅項目中，不包括補充醫療保險，所以，企業為職工支付的補充醫療保險應當征收個人所得稅。

企業為職工個人購買商業性補充養老保險等，在辦理投保手續時應作為個人所得稅的工資、薪金所得項目，按稅法規定繳納個人所得稅。個人所得稅的具體納稅時間應當按照．《國家稅務總局關于單位為員工支付有關保險繳納個人所得稅問題的批復》（國稅函[2005]318號）規定，對企業為員工支付各項免稅之外的保險金，應當在企業向保險公司繳付時并人員工當期的工資收入，按工資、薪金所得項目計征個人所得稅，稅款由企業負責代扣代繳。

根據財稅[2006]10號文件的規定；企業為職工支付的補充醫療保險金不屬于免稅項目，應當征收個人所得稅。根據目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責補充醫療基金的管理，通常做法是企業委托商業!陛保險公司代為管理或由企業自行管理。如果企業將補充醫療保險委托商業性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。

企業自行管理模式比較有代表性的是北京市的補充醫療保險費。《北京市基本醫療保險規定》規定，企業補充醫療保險費在本企業職工工資總額4％以內的部分，列入成本，準予稅前扣除。補充醫療保險費用于支付職工和退休人員在定點醫療機構和定點零售藥店發生的費用，包括個人賬戶不足支付的醫療費用、基本醫療保險統籌基金支付之余應由個人支付的醫療費用以及大額醫療費用互助資金支付之余應由個人支付的醫療費用。《北京市企業補充醫療保險暫行辦法》（京勞社醫發[2001]16號）規定，補充醫療保險由企業管理。企業補充醫療保險費當年結余部分，結轉下一年度使用。由于企業計提補充醫療保險時并沒有落人個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。