日本現行的保險制度有：健康保險協會、政管健康保險、國民健康保險、共同救濟基金以及70歲以上的老年保健，雖然機構較多，但上自總理府，下至各個具體的健康保險事業所，有管理和監督機構參與，咨詢、協調機關從中協作，有明確的法律條文，及各個部門職、權、責的明確劃分，使日本復雜多支的健康保險系統有條不紊地正常發展。

作為健康保險的醫療機關有：都道府縣知事指定的醫院，診所藥局;特定的保險人掌管的為被保險人辦的醫院、診所和藥局;健康保險社團開設的醫院、診所和藥局，這些被指定的醫療單位和藥局的有效期為3年。

而國民健康保險方式的醫療機關是療養經辦機關。保險機構做為經三方，為投保人及衛生服務機構支付醫療保險費用。不論健康保險方式或國民健康保險方式的醫療保險機關都是準公的或私人掌管的。開業醫生有關醫務人員都要經過嚴格注冊。醫療保險一般不承擔預防保健工作，由政府直接管理。

健康保險基金來自于保險費和國家財政補助，二者構成健康保險的財源。不同體制的保險組織，財源亦有區別：

(1)政府管理的健康保險：

以中小企業為保險對象，保費支付標準多以報酬月額比例交納，個人與雇主、政府三方共同承擔費用、共同獲益，是比較合理的財政負擔形式。

(2)健康保險社團：

以大企為對象。企業、國家、個人三方出資。企業拿大頭，雇員拿中頭、國家拿小頭。依靠雇主和雇員繳納的保險費及少量的財政補貼作為財政來源。

政府管理的健康保險，三方負擔的比例常常以法律的形式固定下來，不易改變，而社團組織則比較靈活，自己可以隨時改變，并通過企業內部有效地控制基金費用。

(3)國民保健保險：

以低收入階層、農民、一般居民為對象。實際上是一種依賴國家財政的救濟福利式保險。保險基金由投保人交納的保費和政府少量的補貼構成，財源力量很薄弱。

總之，日本的健康保險從框架上仍然屬于傳統的健康保險機制，但由于法律健全，管理監督系統嚴密，從而使日本的健康保險制沿著自己的軌道正常運行。且較西方單一的健康保險模式更為精細的保險制度。